(1)某些设计人员对生物安全的概念不清楚，造成生物安全实验室内气流组织不合理，死角过大。生物安全实验室要求气流必须从清洁区流向污染区，室内送风口和排风口的位置应使气流停滞的空间降到最小，并且室内排风口应设置在最危险区域，单侧布置，不得有障碍。有的工程送风口对着生物安全柜吹，送风气流和生物安全柜工作窗口的保护气流互相干扰，加重了致病因子的泄露。

(2)密闭性能差，包括实验室围护结构的密封性和空调通风管道的密封性。围护结构的密封性差主要是在门窗部位，也有些隔墙的连接处密封性差；空调通风管道的制作过程不符合要求，密封材料不合格。这些都违背了高度生物安全实验室要求密封性好的基本原则。

(3)排风系统的过滤器安装位置不合理，把高效过滤器安装在排风机的正压端，不能满足污染的排风段必须负压的要求。

(4)排风系统不加高效过滤器，而是采用高空排放，这也是不允许的。有些设计或施工单位对高速排放的理解也有问题，他们认为高速排放就是排风管中的风速要超过13米/秒，结果排风阻力大，达不到要求的排风量，室内很难保持要求的负压。或者排风机压头加大，噪音和电耗也同时加大。有些工程已经由于排风噪声超标与周围居民引起矛盾。

(5)高效过滤器的更换和检漏问题，特别是排风高效过滤器。排风高效过滤器更换前必须首先消毒灭菌，设计和安装时必须考虑消毒问题，同时便于更换。为了确保环境安全，排风高效过滤器也应考虑检漏的可能性，或采取其他确保不泄露的措施。我国很多P3实验室没有做到这一点。

(6)室内安装分体空调或立柜式空调器，这在生物类洁净室中是不允许的，因为空调器中的换热器事实上是一个微生物孳生装置，严重污染实验室环境。有些施工单位虽然不把分体空调或立柜式空调器安装在实验室内，而是安装在邻近房间，用风管进行送风。但由于高级别生物安全实验室必须采用直流风，而普通空调的换热器是按室内循环风设计，达不到直流风要求的大焓差，再加上为了降低造价，设备容量没有富裕，根本达不到要求的室内温度。在高级别生物安全实验室做实验需要穿特制的防护服，有时需要穿多层，如果温度达不到要求，实验人员的感受会可想而知。